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r语言绘图原理

xiaofei
r语言
2024-02-10 14:54:14
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接下来为大家讲解r语言绘图原理，以及r语言绘图实验报告涉及的相关信息，愿对你有所帮助。

简述信息一览：

1、R语言绘制二元聚类图
2、R语言可视化及作图8--坐标轴自定义和坐标系转换
3、R语言可视化及作图7--ggplot2之标签、图例和标题绘制
4、求助,r语言怎么画差异蛋白的火山图

R语言绘制二元聚类图

R语言聚类是一种统计学上的方法，其目的是将一组数据中的观察值按照它们在某种意义下的相似程度划分为若干个组（也称为群体或类），以便于更好地理解和分析数据。

使用eclust（）的层次聚类 Enhanced hierarchical clustering res.hc - eclust（df， hclust） # compute hclust fviz_dend（res.hc， rect = TRUE） # dendrogam 下面的R代码生成Silhouette plot和分层聚类散点图。

（图片来源网络，侵删）

下面我们用iris数据集来进行聚类分析，在R语言中所用到的函数为hclust。首先提取iris数据中的4个数值变量，然后计算其欧氏距离矩阵。

Cluster之间的聚类，则有3种方法：R语言中hclust函数的默认方法为最长距离法（complete-linkage）。以上的聚类过程即称之为层级聚类。

R语言可视化及作图8--坐标轴自定义和坐标系转换

1、R语言作图时，默认情况下软件会按照自己的方式对坐标轴的项目进行排序，然而这种排序往往不是我们所希望的，因此需要想办法让坐标轴的项目按照我们希望的顺序输出。

（图片来源网络，侵删）

2、首先，打开arctoolbox数据管理工具。然后，找到投影和变换，选择创建自定义坐标变换。点进去后，在窗口中输入相应的参数，如下图所示，有对应的七参数，和转换坐标系。

3、首先在R中，plot函数作图时会自动给出xy轴的刻度标度。然后有时需要自己定义xy轴的刻度，这时可以用axis中的at和labels参数来更改，先令plot不要画出xy轴的标度。

4、r语言修改横坐标斜体的方法是：取FALSE时将不会画出标题（包括主、副标题及坐标轴标题）。设置边框形式，默认值为o，表示四面边框都画出。

R语言可视化及作图7--ggplot2之标签、图例和标题绘制

R 有几种用于制作图形的系统，但 ggplot2 是最优雅和最通用的系统之一。与大多数其他图形包不同，ggplot2 具有基于图形语法的底层语法，它允许您通过组合独立组件来组合图形。

R语言高阶可视化绘图系统：ggplot2入门 ggplot2是《The Grammar of Graphics》/《图形的语法》中提出了一套图形语法，将图形元素抽象成可以自由组合的要素，类似Photoshop中的图层累加，ggplot2将指定的元素/映射关系逐层叠加，最终形成所图形。

ggplot2 是由 Hadley Wickham 创建的一个十分强大的可视化R包。按照 ggplot2 的绘图理念，Plot（图）= data（数据集）+ Aesthetics（美学映射）+ Geometry（几何对象）：在 ggplot2 中有两个主要绘图函数：qplot（）以及ggplot（）。

本文介绍ggplot2包的geom_line（）函数绘制折线图。绘制方法是首先调用ggplot（）函数选定数据集，并在aes参数中指明横轴纵轴。然后调用条形图函数geom_line（）函数绘制出基本折线图。

eg：ggplot（TZP_new，aes（x=Cell_type，y=Percentage，fill=Cell_type）+geom_bar（stat=identity）+coord_flip（）+guides（fill= F）其中，corrd_flip（）选项即为把图像横向的参数。guides为调节图例隐藏的参数。

即使带有error bars，它会隐藏数据分布的很多信息，这时候考虑箱线图或小提琴更合适。绘图的背景数据来自于生信小白鱼的R语言绘制分组柱状图示例（链接在文末）。