R语言一年多点遗传力计算
本篇文章给大家分享R语言一年多点遗传力计算，以及r语言 chisq对应的知识点，希望对各位有所帮助。
简述信息一览：
R语言:DNA序列比对后计算遗传距离(P-distance)
在R语言中找到了计算遗传距离的函数dist.dna（）；但是不知道在R里面如何利用循环批量处理文件计算遗传距离。想到了利用python来调用R函数的方法，查找相关教程发现需要用到rpy2模块。
利用DNA序列数据计算遗传距离最简单的方法是计算p距离（p-distance），计算式为：p= nd /n，其中 n为所测定序列的核苷酸数，nd 为核苷酸差异数。
D=[（x1-y1）2+（x2-y2）2+…（xp-yp）2]1/2，这里x1，x2，…，xp和y1，y2，…，yp分别为两个个体（或基因型、群体）i和j形态学性状p的值。
但在实际操作中，可先尝试选用较简单的距离模型，比如 p-distance。 第三个参数是 Gap/Missing Data Treatment。 大多数建树方***要求删除多序列比对中含有空位的列。但是根据遗传距离度量方法的不同，删除原则也不同。
是选择计算遗传距离时使用的计算模型。理论上应该尝试各种模型，根据检验结果选择最合适的模型计算。但在实际操作中，可先尝试选用较简单的距离模型，比如p-distance。
遗传力的其他
三大遗传参数是遗传力，重复力，遗传相关。遗传参数（genetic parameter）：一反映总体遗传特征的参数，如遗传力、重复力、遗传相关、近交系数、亲缘系数、遗传进度以及选择指数等。
广义遗传力（broad-sense heritability）和狭义遗传力（narrow-sense heritability）。
遗传力的名词解释如下：遗传力又称遗传率，指遗传方差在总方差（表型方差）中所占的比值，可以作为杂种后代进行选择的一个指标。遗传力分为广义遗传力和狭义遗传力。
用R语言实现遗传算法
1、主要方法有：遗传算法（GA）、统计检验法、分支定界法等。这里主要讲讲特征选择中 遗传算法 以及它的R语言实现（因为要写作业，虽然不一定写对了）。
2、实现遗传算法的第一步就是明确对求解问题的编码和解码方式。
3、通过指定各个参数Pop-Size、Pc、Pm和R的值，可以表示一个特定的遗传算法。4 确定指定结果的方法和停止运行的准则 当遗传的代数达到最大允许代数时，就可以停止算法的执行，并指定执行中得到的最好结果作为算法的结果。
数量遗传学7-遗传力和相似度
1、数量遗传学是***用生物统计学和数学分析方法研究数量性状遗传规律的遗传学分支学科。数量性状是遗传上受许多微效基因控制，性状变异连续，表型易受环境因素影响的性状。
2、遗传力的名词解释如下：遗传力又称遗传率，指遗传方差在总方差（表型方差）中所占的比值，可以作为杂种后代进行选择的一个指标。遗传力分为广义遗传力和狭义遗传力。
3、数量遗传学 quantitative genetics ***用数理统计和数学分析方法研究数量性状遗传的遗传学分支。其研究方法主要是用生物统计学方法对群体的某种数量性状进行随机抽样测量，计算出平均数、方差等，并在此基础上进行数学分析。
4、遗传的解释（1） [heredity]∶通过细胞染色体由祖先向 后代 传递的 品质 遗传学 （2） [inheritance]∶先人所流传下来的 详细解释 （1）.犹留传。
5、不，这是基因相似性。遗传相似系数：在数字分类学中，用来计算生物之间相似程度的指标。常用符号s。计算公式为：s＝NS／（NS＋ND），其中NS表示两行正特性的特征数，ND表示一行正特性和另一行负特性的特征数。
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